12 yıllık kademeli ve zorunlu yeni eğitim sistemiyle birlikte yıllar sonra yeni eğitim öğretime açılacak olan İmam Hatip Ortaokullarında sistemin nasıl işleyeceği konusu netleşmeye başladı. Buna göre Eylül 2012 tarihi itibariyle uygulanacak olan yeni eğitim sisteminde İmam Hatip Ortaokullarının sadece 5. sınıflarına öğrenciler alınacak. İmam hatip ortaokullarında uygulanacak Kur’an-ı Kerim ve Hz. Peygamberin Hayatı gibi öğretim programlarının uygulanmasında bütünlüğün sağlanması için bu uygulama gerekli olacak.
Bu yüzden ortaokulların ara sınıflarında okuyan öğrencilerin İmam Hatip Ortaokullarına geçişi mümkün olmayacak. Ayrıca 2011-2012 eğitim ve öğretim yılında ilköğretim 4. sınıfta okuyan ve bir üst sınıfa geçen öğrencilerin 2012-2013 eğitim ve öğretim yılında ortaokul 1. sınıfa kayıtları e-okul sistemi üzerinden merkezi olarak yapılacak. Ancak 2012-2013 eğitim ve öğretim yılında eğitim öğretime başlamış olan imam hatip ortaokulları varsa bu okullara devam etmek isteyen ortaokul 1. sınıf öğrencilerinin kayıtları velileri tarafından bu okullara yapılacak. Dolayısıyla bu çocukların imam hatip ortaokullarına kayıtları yapıldığında e-okul sisteminden kaydının yapıldığı ortaokuldan kaydı düşülecek. Milli Eğitim Bakanlığı, din eğitimi içerikli dersler için öncelikle Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Dersi öğretmenlerinden ve imam hatip liselerindeki meslek dersi öğretmenlerinden yararlanılacak. Bunlarla ihtiyacın giderilememesi halinde ise ilahiyat mezunu ve pedagojik formasyonu olan kişilerden yararlanılacak.
